Mit Duftgeranien im Speziellen kenne ich mich auch nicht aus. Ausgraben müsste gehen, versuche eben, den Wurzelballen möglichst wenig zu stören. Aber eigentlich sollten die Pflanzen im Winterlager sich sowieso in die Ruhephase begeben, dann ist eine Wurzel mehr oder weniger nicht so dramatisch.
Ich würde annehmen, dass es wichtig ist, die Pflanzen verhältnismässig kühl zu lagern, unter 12° (aber sicher kein Frost), sonst kommen sie nicht in die Ruhe, und vergeuden ihre Kraft auf der Suche nach Licht. Ich vermute, hell, aber ohne direkte Sonne + kühl und eher trocken müsste den Duftgeranien im Winterquartier gut tun. Fäulnis im Winter ist der Killer für viele Pflanzen.
Vieles muss man ausprobieren, und oft spielen so viele Faktoren eine Rolle, dass jeder seine eigene Variante finden muss, die mit den vorhandene Möglichkeiten (Gartenhaus, Keller, Garage, Gewächshaus) machbar ist.